6月25日，中央氣象臺繼續發布暴雨紅色預警。預計未來三天，長江中下游地區梅雨將持續，湖南中北部、湖北南部、江西北部、安徽南部、浙江西部等地降雨時間長、累計降雨量大。
中央氣象臺首席預報員陳濤介紹，從天氣系統分析，6月24日至27日，西太平洋副熱帶高壓天氣系統維持穩定，副高邊緣的西南暖濕氣流直接深入到長江中下游沿江地區，梅雨鋒天氣系統在江南北部到長江沿江地區穩定少動，因此降雨落區重疊度高、持續時間長，導致出現大范圍強降水。由于暖濕氣流旺盛，梅雨鋒主雨帶上易有中小尺度強降水對流系統發生發展，導致局地性的強降水中心。這兩個原因造成長江中下游沿江到江南北部較高的降水累積量。
6月小樹屋25日，國家防總辦公室、應急管理部繼續組織氣象、水利、自然資源、住房城鄉建設等部門進行防汛專題會商，視頻調度浙江、安徽、江西、湖北、湖南、貴州等省，分析研判當前雨情汛情發展態勢，細化部署重點地區防范應對措施。
會商強調，本輪長江中下游地區強降雨持續時間長，落區重疊，極端性強，要全力做好防范應對，強化統籌協調和牽頭抓總作用，滾動會商研判、科學指揮決策，針對強降雨持續和干支流水位上漲情況提前進行安排部署。要發揮各部門專業優勢，前置部署搶險救援力量，做好物資裝備準備，形成整體合力。要嚴密防控持續強降雨可能引發的山洪、地質災害，加強切坡建房等高風險區域的監視預警，及時果斷轉移人員，千方百計減少傷亡。
國家防總維持對湖南、浙江、安徽、江西的防汛三級應急響應，派出的5個工作組繼續在江西、安徽、湖北、湖南、浙江一線協助指導防汛抗洪工作。
6月25日上午，水利部召開專題會商會，視頻連線水利部長江水利委員會、淮河水利委員會、太湖流域管理局，分析研判未來兩周長江中下游、淮河、太湖防汛形勢，安排部署水旱災害防御工作。會議指出，長江中下游地區特別是洞庭湖區、鄱陽湖區，太湖流域、新安江流域，淮河流域，以及廣西、浙江等省區部分河流可能發生洪水，暴雨區內發生山洪、泥石流及城市內澇災害風險高。
會議要求，進一步落實落細各項防御措施，全力以赴做好暴雨洪水防范應對工作，牢牢守住安全底線。水利部要求各地加強監測預報預警，密切會商研判，及時將動態預報預警信息和滾動工作部署直達一線；根據監測預報，及時啟動和發布響應等級，督促相關地區和流域管理機構按此響應要求做好防范應對共享空間；科學調度控制性水庫工程，針對連續多次強降雨過程和可能出現多個洪峰型洪水的特點，精準調度水工程。
針對長江干堤、淮河干堤以及洞庭湖鄱陽湖區重要堤防、太湖重要堤防等巡查防守，水利部要求各地根據響應等級配備配足巡堤查險搶險的人力、物資、裝備，做到搶早、搶小、搶住，確保重要堤家教場地防不決口。提前做好蓄滯洪區運用準備，根據汛情發展態勢，提前組織區內群眾轉移安置，按照規定及時啟用蓄滯洪區，確保“分得進、蓄得住、排得出、人安全”。此外，還提出嚴防城市內澇，做好“外控、繞排、內守、強排”工作，統籌加強城市防洪排澇應對，及早撤離城市低九宮格洼地區、地下空間等地人員，確保人員安全等。
此外，受近日降雨影響，黑龍江省烏蘇里江發生超警洪水，烏蘇里江支流撓力河、穆棱河，松花江支流倭肯河等河流發生超保洪水，其中倭肯河發生有實測資料以來最大洪水，汛情還將持續或發展。國家防汛九宮格抗旱總指揮部于6月25日12時啟動針對黑龍江省的防汛四級應急響應，要求相關省份和流域防總全力做好防范應對工作。
據預報，未來一周左右，湖南、湖北、江西、安徽、浙江等長江中下游地區發生暴雨災害會議室出租風險較高，公眾應避家教場地免進入河道、山區、低洼地帶等危險區域，注意防范強降水可能誘發的中小河流洪水、山洪地質災害、城鄉內澇等各類次生氣象災害風險。